Hrvatska je s 35 do sada zabilježenih vrsta jedna od šišmišima najbogatijih zemalja Europe i sve su strogo zaštićene Zakonom o zaštiti prirode i Pravilnikom o proglašavanju divljih svojti zaštićenim i strogo zaštićenim, a 17 vrsta nalazi se u Crvenoj knjizi ugroženih sisavaca Hrvatske. Sve su vrste šišmiša zaštićene i na razini EU Direktivom o staništima.
U državama potpisnicama Sporazuma organiziraju se različite prigodne aktivnosti, kojima se nastoji upoznati javnost s ulogom šišmiša u ekosustavu, razlozima njihove ugroženosti i potrebi zaštite, kao i s načinima kako se može postići skladan suživot šišmiša i ljudi.
